眼鏡がくもっている

たとえば、ミドリムシ類は緑藻類と同じ光合成色素を持っている。したがって系統上は近いものと考えることができたわけである。しかし、近年の考えでは、これは全く系統の異なった原生生物が緑藻類を取り込み、自らの葉緑体としたものだと考えられている。つまり、光合成能力は、その生物の系統とは関係なく得られると考えられる。したがって、現代では、藻類というまとまりに分類学的意味を見いだすことはできなくなってしまった。

このような理由により、現代では植物界は、種子植物、シダ植物、コケ植物という陸上で進化した互いに近縁な群と、それと直接の系統関係があると思われる群のみを含めるものとなって言う。原生生物に位置づけられた藻類は、それぞれに藻類というくくりではなく、藻類を含む原生生物として見直しが進んでいる段階である。

微生物が発見されるまでは、藍藻やキノコを植物と見なすことにさほどの違和感はなく、このまとまりが疑問なく受け入れられていた。しかし、様々な生物が発見され、その性質が知られる内に、２界説の枠組みに疑問が投げかけられるようになった。具体的には、細菌類と藍藻類は原核生物であるからモネラ界へ分けられ、菌類は退化した植物ではなく、独自の進化を遂げた生物と考えられることが多くなった。この傾向を決定づけたのが、ホイッタカーの5界説であった。しかし、この段階でも、藍藻類を含めた光合成生物が、一つの系統的なまとまりを形成するという考えは暗に認められていた。

それが崩壊したのは、分子遺伝学的情報が利用可能になったこと、原生生物各群の研究、特に微細構造の解明が進んだこと、そういった中から、細胞内共生によって、多様な原生生物が独自に藻類化したらしいことが明らかになったためである。

実際には、これらの特徴のどれかを持てば、植物と見なされる可能性があった。むしろ、動物でないものは植物と見なした、といった方がよいかも知れない。

現代の立場から考えれば、動物界に組み入れられた生物群が、ほぼ単系統のまとまったものであった分だけ、残りの植物界が、雑多な群の詰め合わせになってしまったとも言える。

アリストテレスはすべての生物を植物(非運動性であるか、感覚器を持つもの)と動物に分類した。リンネの分類ではすべての生物はベシタブリア界（後に植物界）と動物界に分けられた。これが、一般の認識における植物と考えていいと思われる。

当時は無脊椎動物や藻類、原生生物に関する知識が薄弱だったが、それらについても研究が進むにつれ、このどちらかに振り分けられた。

日常用語では、植物といえば、草や木のことであるが、少し広く見れば、動物以外の非運動性の生物である、という認識がされている。たとえば、ワカメやコンブは光合成をするし、キノコは地面から生えてくるから植物に見える。

学術的に植物とされる生物の範囲については、歴史的にさまざまな学説があった。